Методика реінжинірингу системи управління економічними процесами, які відбуваються у ВНЗ, передбачає розробку їх ідеальної моделі з використанням комп'ютерних технологій. Оскільки в будь-який момент вища управлінська ланка ВНЗ (вчена рада, ректорат), яка приймає стратегічні та тактичні управлінські рішення, має лише частину вірогідної інформації про поточні господарські процеси, яка визначається її повнотою та оперативністю, то очевидно, що ця інформація буде вірогіднішою, якщо надійде не від функціональних підрозділів або окремих виконавців (які можуть навмисне чи помилково викривити її), а безпосередньо за первинними документами про поточні господарські процеси у ВНЗ.

З перебудовою системи управління економікою відбуваються структурні та організаційні зміни ВНЗ. Виконання більшої кількості робіт меншою кількістю виконавців досягається перерозподілом їх повноважень і переорієнтацією їх базових принципів з функціональної на процесну організацію, що є основою реінжинірингу. У зв'язку з цим акцент управління ВНЗ зміщується (але не замінюється повністю) від центральної керівної ланки до самокерованих колективів - центрів відповідальності. Децентралізоване прийняття рішень і управління керівниками центрів відповідальності, які акцентують свою увагу на якості процесів і можливості швидкого реагування на потреби ринку, досягаються за рахунок створення розподілених комп'ютерних систем. Вони кардинально змінюють не тільки можливості, а й поведінку людини, дозволяючи імітувати реальний світ (об'єкти, процеси, явища тощо) і привносити у цю імітацію особливості, які не є характерними для дійсності, але підвищують якісні та кількісні показники діяльності людини, що дозволяє створювати віртуальні утворення.

Одним з перспективних засобів здійснюваного реінжинірингу, який оптимізує прийняття оперативних і стратегічних управлінських рішень, є контроллінг, за допомогою якого забезпечуються інформаційне прийняття рішень, об'єктивізація оцінки сильних і слабких сторін економічного становища ВНЗ, попередження критичних ситуацій та банкрутства. Іншим напрямом застосування засобів контроллінгу е управління собівартістю навчання. Реалізація цього напряму можлива у ВНЗ, де управлінський та фінансовий облік здійснюється у складі інтегрованих автоматизованих систем.

Розрахунок собівартості навчання потребує значних трудозатрат за умов критичних часових обмежень, що зумовлює необхідність обов'язкового застосування сучасної обчислювальної техніки. Для зменшення собівартості навчання спеціалістів державний ВНЗ має постійно знижувати або не підвищувати витрати на проведення науково-педагогічного процесу. Зниження прямих витрат центрів відповідальності спричиняє зниження якісного рівня спеціалістів, яких готує ВНЗ. Тому об'єктом управління повинні виступати непрямі витрати допоміжних підрозділів. Кошти, одержані в результаті зниження непрямих витрат, мають передаватися у вигляді дотацій центрам відповідальності, які ведуть навчання за непрестижними (нерентабельними) спеціальностями, для підтримки їх матеріальної бази, матеріальної заінтересованості професорсько-викладацького складу і, тим самим, підвищення науково-педагогічного рівня підготовки спеціалістів. Ці кошти об'єднуються у загальновузівський фонд, розпорядником якого є вища управлінська ланка ВНЗ. Усі центри відповідальності, які проводять навчання на договірній основі, відраховують до вказаного фонду частину коштів, які надійшли за навчання. Величина відрахувань встановлюється ректором за рекомендацією служби контроллінгу.

На підставі планованих надходжень коштів визначається узагальнений показник-планова собівартість навчання по ВНЗ і планові собівартості навчання по центрах відповідальності. Для центрів відповідальності, які здійснюють підготовку спеціалістів непрестижних спеціальностей, визначаються розміри дотацій та формуються скориговані варіанти їх бюджетів. Вказані функції є функціями стратегічного контроллінгу. До функцій оперативного контроллінгу входять: розрахунок миттєвої собівартості по центрах відповідальності, регулювання відхилень миттєвої собівартості центрів відповідальності непрестижних спеціальностей від планової по ВНЗ. Фінансово-господарська діяльність центрів відповідальності та дотації з боку ректорату визначають динаміку зміни їх бюджетів.

Ефективна реалізація економічних механізмів передбачає активне використання засобів обчислювальної техніки. На сучасному етапі розвитку комп'ютерних технологій завдання автоматизації окремої предметної області втратило свою актуальність у зв'язку з низькою ефективністю одержання результату (швидкість, час, трудозатрати, окупність). Нині постає питання про розробку інтегрованих автоматизованих систем, в яких виконуються принципи одноразового введення інформації у місці її виникнення і використання єдиного інформаційного простору з раціональною організацією баз даних.

ВНЗ для нормального проведення як функціональної, так і економічної діяльності в умовах інфляції доводиться підвищувати вартість навчання протягом року, що викликає протести з боку фізичних і юридичних осіб, які проводять оплату, а також з боку органів, до обов'язків яких входить контроль за обґрунтованістю встановлення цін на товари та послуги.

Труднощі ціноутворення в державному ВНЗ полягають, насамперед, у віднесенні видатків на навчання, що фінансуються з бюджету, та відокремленні видатків на комерційне навчання. Відомо, що левова частка фінансування поточних видатків (не передбачених у бюджеті) проводиться з інших джерел фінансування (до яких належить і плата за комерційне навчання) - ВНЗ закуповують обчислювальну техніку, виконують поточні ремонти обладнання та аудиторного фонду, здійснюють оплату послуг додаткового контингенту викладачів тощо.

Ще одна проблема пов'язана з віднесенням видатків на конкретний освітній напрям. Як правило, ВНЗ готує бакалаврів за кількома (а то й за кільканадцятьма) напрямами. Це особливо стосується закладів поліпідготовки бакалаврів і спеціалістів, прикладом якої є Національний університет "Львівська політехніка".

У структурі видатків, пов'язаних з навчальним процесом у ВНЗ, найбільшу частку становить оплата праці професорсько-викладацького (ПВП) та допоміжного (ДП) персоналу. Це дає змогу припустити, що оплата праці, з одного боку, може бути одним з критеріїв у визначенні мінімальної ціни навчання студента у ВНЗ. З іншого боку, основним критерієм для цього слугує час, проведений викладачем із студентами. Цей час можна виміряти аудиторним навантаженням (кафедри, викладача), яке вимірюється в годинах і є плановим показником у навчальному процесі для кожного ВНЗ.

Відомо