У нових умовах, у яких виявилися акції українських підприємств, роль фундаментального аналізу і використовувані при його проведенні методи також змінюються. Після серпневої кризи 1998 року був практично втрачений інтерес до акцій підприємств другого ешелону. У цих умовах одним з деяких способів залучення коштів підприємствами залишилися тільки прямі інвестиції. При проведенні прямих інвестицій стає необхідним аналізувати конкретні підприємства, уважно вивчати їхні фундаментальні показники, оцінювати їхні грошові потоки. У цей період зростає роль аналітиків, що цілком занурюються в конкретне підприємство, намагаючись оцінити його потенційні можливості. Для проведення експрес-аналізу буває досить вивчення структури акціонерного капіталу, видів продукції, виробленої підприємством, її постачальників, динаміки виробництва і постачань за останні роки, структури доходів і витрат, балансу компанії. Для прийняття великих і довгострокових інвестиційних рішень необхідно більш детальне знайомство з фінансовою і виробничою діяльністю підприємства. У цьому випадку найбільш оптимальним способом буде одержання інформації безпосередньо від емітента. У ряді випадків необхідний виїзд аналітика на підприємство і контакт із його менеджерами. Тому однією з головних умов залучення інвестицій для підприємства є готовність менеджерів розкривати інформацію про свої компанії. Високий рівень неплатежів в Україні роблять необхідним вирішення ряду проблем, таких як коректна оцінка поточної вартості основних фондів і запасів, аналіз дебіторської заборгованості по виявленню сумнівних боргів, частки бартеру в сумарному грошовому потоці компанії і т.д.