В основу оцінки ефективності дії системи внутрішнього контролю покладене припущення аудитора, що існуюча система внутрішнього контролю не зможе виявити допущені суттєві помилки в системі бухгалтерського обліку або не може їм запобігти.

Для того щоб дійти певного висновку з даного питання, аудитор мусить детально вивчити (ще на підготовчому етапі аудиторської перевірки) структуру внутрішнього контролю. З цією метою він вивчає порядок опрацювання даних на підприємстві і встановлює, як здійснюється внутрішній контроль (вручну або автоматизовано) і його дієвість. Це дуже важливо, оскільки аудитор у своїй роботі багато в чому може покластися на результати внутрішнього контролю, якщо він визначить до нього високий ступінь довіри.

Аудитор оцінює такі складові внутрішнього контролю (попередньо оцінивши його спрямованість і вплив на систему бухгалтерського обліку і якість складання фінансової звітності).

Ризик невиявлення. Процедурний ризик (ризик невиявлення) визначає план обсягу тестування для одержання великої кількості аудиторських свідчень. Тому аудитор повинен установити зв'язок між цілями системи внутрішньогосподарського контролю та аудиторської перевірки, визначаючи для кожної статті звіту і окремий розмір процедурного ризику. Коли аудитор готовий узяти на себе великий ризик, свідчень потрібно менше. Отже, необхідно прагнути до мінімізації аудиторського ризику і тоді можна одержати максимум доказів складання аудиторського висновку.

Таким чином, для того щоб підготувати оптимальний план проведення аудиту, необхідно під час розрахунку аудиторського ризику системно враховувати не тільки загальні основні аспекти контролю, а й попередньо оцінити сукупність факторів, що впливають на них. Тільки системний підхід і комплексна оцінка усіх факторів під час розрахунку аудиторського ризику дає змогу скласти прийнятний план аудиту.