Університетові було передано приміщення колишнього ордену тринітаріїв при Краківській вулиці. Урядовим рішенням від 17 червня 1784 р. визначено персональний склад викладачів та бюджет університету. У жовтні цього ж року видано диплом та інструкцію для університетської адміністрації. У дипломі вказувалося, що Львівський університет створюється у складі чотирьох факультетів: філософського, юридичного, медичного і теологічного. Урочисте відкриття університету відбулось 16 листопада 1784 р.    

У період між 1805 і 1817 роками у Львові на базі університету діяв ліцей. Це було пов'язано з реформою вищої освіти в Австрійській державі. Аналіз свідчить, що більшість дисциплін і надалі викладали в університетському обсязі, функціонували ті ж факультети.    

Вищим органом управління університетом був сенат (консисторія). До його складу входили ректор, декани та сеньйори (найстарші за віком і стажем професори). Сенат вирішував найважливіші питання, які стосувались загального керівництва університетом. Всі інші справи вирішували декани, що одночасно були директорами факультетів. Слід зазначити, що університет мав певну автономію.    

Підготовкою до вступу в університет займалася гімназія, створена у 1784 р. Навчання у ній німецькою і латинською мовами тривало 5 років. Усі студенти університету перші три роки навчалися за програмою філософського факультету, який був загальноосвітнім, підготовчим. Після закінчення філософського факультету студенти або продовжували навчатись на ньому з метою поглиблення своїх знань у галузі окремих наук, або переходили на один з вищих факультетів — юридичний, медичний чи теологічний, навчання на яких тривало чотири роки. Навчальний процес відбувався латинською, польською та німецькою мовами. В 1825 р. було відкрито кафедру польської мови і літератури.    

У 1787 р. при теологічному факультеті функціонував studium Ruthenum — українські (“руські”) курси з дворічним навчанням українською мовою. Вони діяли до 1806 р. Зі Львівським університетом перших десятиліть ХІХ ст. пов”язані імена видатних діячів українського національного відродження: Маркіяна Шашкевича, Якова Головацького, Юрія Венеліна (Гуци).    

Фізичну науку в другій половині ХУІІІ — першій половині ХІХ ст. у Львівському університеті репрезентували професори Франц Гюсман, Ігнацій Юзех Мартинович, Антон Гільтенбранд, Іван Земанчик, Антон Глоіснер, Август Кунцек та Олександр Завадський, але лише деякі з них мали науковий доробок на ниві фізичної науки. Зокрема, проф. І.Ю.Мартинович (1755—1795) написав двотомний підручник з експериментальної фізики. Відомий вчений 80-х років ХVІІІ ст. Ф.Гюсман (1741—1806) видав у Відні двотомний опис віку землі з точки зору фізики. Виходець із Закарпаття Іван Земанчик багато зробив для збільшення кількості обладнання фізичного кабінету. Проф. А.Кунцек (1795—1865) , що цікавився, крім фізики, ще й астрономією, викладав математику і класичну філологію, написав сім наукових праць і підручників (наприклад, “Вчення про світло”, “Популярна астрономія”, “Популярний виклад з метеорології” та ін.).    

Першим професором хімії і ботаніки у Львівському університеті був Бурхардт Зацберт Шіверек (1742—1807). Основні заслуги Б.Шіверека — дослідження мінеральних вод Передкарпаття та заснування ботанічного саду.    

Одним з перших фахових математиків в університеті був Франц Кродеш (1761—1831), який написав підручник з математики. Посібник “Елементи чистої механіки” приніс славу видатному австрійському математику Леопольду Шульцу фон Страшніцькому (1803-1852), що викладав в університеті у 1834—1838 рр. “Натуральну історію”, тобто природознавство викладав в університеті проф. Бальтазар Гаке (1740—1815). Він став піонером в галузі геологічної науки в Галичині.    

У сфері філософії в зазначений період на найбільшу увагу заслуговує Петро Лодій (1764—1829). Його перу належать підручники “Метафізика” та “Логічні настанови”. Низку праць з філософії написав також чех Ігнац Ян Гануш (1812—1869). Першим професор історії в університеті став Людвік Едвард Ценмарк (1753—1814). Він був також спеціалістом у галузі допоміжних історичних дисциплін і видав з цієї проблематики посібник. Першим професором допоміжних історичних дисциплін став Готфрід Уліх (1743—1794), який заснував у Львові читальню, написав підручник з дипломатії і нумізматики, був автором цілої низки праць з історії. Дуже популярним серед студентської молоді був професор загальної історії та історії Австрії Йосиф Маус (1778—1856).    

Класичну філологію у відновленому в 1784 р. університеті викладав Віктор Вацлав Ган (1763—1816), який крім проблем мовознавства цікавився і проблемами естетики, видав двотомну збірку власних віршів, написав кілька робіт з історії літератури. Серед мовознавців на увагу заслуговують також професори Ігнат Поллак (1785—1825) та проф. Леопольд Умляух (1757—дата смерті невідома).     

20—30-х роках ХІХ ст. пожвавилися дослідження в галузі краєзнавства та гуманітарних наук. Вихованець університету І.Могильницький підготував першу в Галичині граматику української мови, видану у 1829 р. Її передмова “Відомість о руськім язиці” містила стислий огляд історії України, визначала українську мову як самостійну серед східнослов'янських мов. Професор Львівського університету І.Лаврівський уклав шеститомний українсько-польсько-німецький словник, переклав польською мовою “Повість временних літ”. Значний внесок у вивчення історії рідного краю зробив проф. М.Гриневецький. Він збирав першодруки та інші пам'ятки старовини.    

Юридична наука того часу у Львівському університеті опиралась на так звану історичну школу права. Видатним спеціалістом у галузі цивільного права був проф. Йосиф Вінівартер, який у Львові працював з 1806 по 1827 рік і видав кілька наукових праць.    

Значний вплив на розвиток Львівського університету мали події польського національно-визвольного повстання 1830—1831 рр. та особливо революції 1848 р., активну участь у яких брала студентська молодь. Під час листопадового повстання 1848 р. згорів університетський будинок, знищена його цінна наукова бібліотека,