Загальнонауковий характер філософського світогляду І.Франка добре проглядається в його оцінках релігії як складного суспільно-історичного явища. Відомо, що І.Франко неодноразово і з різних приводів вдавався до наукового аналізу релігії і зокрема християнства, а працю «Поема про сотворення світу» цілком присвятив розгляду джерельної бази “Біблії”.

У таких працях І.Франка, як «Католицький панславізм», «Воскресеніє чи погребеніє?», «Поступи інквізиції», «Дві унії», «Містифікація чи ідіотизм» та ін. подана розгорнута характеристика релігії як важливого складника історії культури, як такого духовного явища, що конче потребує аналізу з висоти здобутків новочасної науки. І.Франко вважав, що історичний час релігії залишився в минулому, що на її місце має прийти наука з її «широким цивілізаційним світоглядом. А релігія має залишитися лише як річ особистого переконання»[10].

Надзвичайно актуальною для нашої сучасної практики є думка І.Франка про те, що на основі «релігійної правовірності» ніякий суспільний консенсус неможливий, «бо на полі догм ніяке поєднання неможливе». Теперішні дискусії та боротьба навколо значення тих чи інших релігійних конфесій у державотворенні є по суті безплідні. І.Франко справедливо зазначав: «Тісніше порозуміння, тривкіше від обопільної толеранції, можливе тільки на ґрунті науки, пізнання природи та критичного зрозуміння минувшини, а при тім у праці над спільними, чисто людськими задачами суспільними та політичними. Всяке обстоювання на становищах чисто конфесійних та ортодоксійних може довести тільки до затемнення основних питань гуманності та до розбудження пристрастей»[11].

І.Франко неодноразово піддавав гострій критиці діяльність галицької клерикальної інтелігенції за її задогматизованість та духовну відсталість. Однак, він не вважав себе ніяким войовничим атеїстом, скоріше був ученим-вільнодумцем, що з позицій досягнень тодішньої європейської науки дивився на світ та його явища.

Крім того, Франко цікавився і науковими працями з проблем гносеології багатьох його сучасників психологів і філософів, які науково розглядали різні форми пізнання. Зупиняючись над процесом пізнання, Франко твердив, що воно відбувається з допомогою імпульсів. "Із зовнішнього світу доходять до нашої свідомості певні механічні чи хімічні імпульси (тверді тіла, плини, запахи, тремтіння етеру або електричні рухи) і уділяють нашим нервам. Нерви провадять їх до певних мозкових центрів і в комірках нашої мозкової субстанції постає образ того центра, з якого вийшов даний імпульс"[12]. Аналогічно Франко зупиняється над процесом відображення. Він твердив, що процес відображення неможливий без відображуваного. "Се за всі віки, - писав він - виказує фізіологія і психологія, котрі кажуть, що кожний чоловік лиш то може робити, говорити, думати, що вперед у формі вражень дійшло до його свідомості. – і відтак оті елементи може комбінувати, складати, ділити і переформовувати, але щось зовсім нового, зовсім відірваного від світу його вражень чоловік ніколи не міг і не може створити"[13]. Розглядаючи гносеологічні проблеми, особливо проблему пізнання і свідомості, Франко шукав у всьому рації і був раціоналістом. Він погоджувався з вродженими здібностями людини, а тому і погоджувався з вченням Декарта, що "ідеї є вроджені", а особливо, якщо мова йде про ідеї творчі, письменницькі чи поетичні. Погоджувався з принципом вродженості дару пізнання Лейбніца (вроджене обдарування), а також з апріоризмом Конта. В окремих випадках він надавав великого значення психології, особливо інтуїції, волі і символізмові, що виступають як важливі чинники в питаннях пізнання. Франко розглядав двоїстість світу, тобто існування матеріальної єдності світу і світу думаючої людини – творця світу життя, світу ідей, світу часовості і безконечності. Узгоджуючи при тому погляди філософів XIX століття з досягненнями сучасної йому науки, Франко розрізняв двоїстість існування світу - світу матерії і світу життя, який він цінив понад усе. Щодо світу матерії, - світу матеріального буття, яке ми спостерігаємо нашим мисленням, в ньому він бачив непорушну єдність із законами, джерела яких старається пізнати людина. Ідеї цього пізнання є відображеннями наукових поглядів на цей світ.

Окремо від світу матерії він цінив світ життя, світ природи, світ рослинний і тваринний, який прагне до самозбереження у постійній боротьбі за життя. Окремо він бачив світ людини, яка іноді намагається протиставитися цьому природному світові, стараючись, хоч і частково, спрямовувати його розвиток по своїй уподобі. Франко бачив світ в його часовості, у його простірності і безконечності.

У відношенні до матеріального світу, до матерії Франко був схильний до монізму. Але у відношенні до природи, до життя, до людини з усіма її суспільними проявами життя, з узагальненням і власного природного життя, - у нього погляди ідеалістичні як у мислителя, що бачить життя в його дуалістичній основі добра і зла. Тому не дивно, що ще в молодості, в одній із статей він писав про потребу відмежувати обсяги науки від засад віри, щоб можна краще збагнути і пізнати існуючу дійсність. "Ви повинні знати, - писав Франко в 1882 році, - що наука, хотячи бути наукою, мусить відкинути віру, а опертися на критиці, мусить відкинути откровеніє, а опертися на пам'ятниках житія і культури, мусить відкинути двоїстість в природі, а стояти на єдності (монізмі), т.є. мусить прийняти, що матерія і сила - одно суть, що дух і тіло - одно суть"[14]

У відношенні до розмежування науки і віри, Франко підтримував тоді погляди чисельних філософів, починаючи від Галілея,