Отже, на Виговському, як на керівнику Української держави, лежить тяжка провина в тому, що він не змінив у належному напрямку своєї соціальної політики, яка вела до погіршення становища трудящих мас. Втім, провина опозиції більша, оскільки вона розв'язала безперспективну; громадянську війну, поклала початок Руїні, відкрила шлюзи для безпосереднього збройного втручання царизму в українські справи. При зовнішньому демократизмі її блок з царизмом об'єктивно вів до погіршення становища України, тих трудящих мас, від імені якого гетьманат нерідко виступав.
Опозиція не визнавала влади Виговського, вживала і збройних, і дипломатичних заходів. Барабаш спорядив до Москви своє посольство, яке на початку грудня 1657 року звинуватило Виговського у неправомірному обранні, в дипломатичних зносинах з сусідніми державами (!), у забороні походів запорожців проти Кримського ханства. На цій досить хисткій підставі посли Барабаша просили змістити Виговського та обрати нового гетьмана. В цей час Виговський ще сподівався на мирне розв'язання конфлікту, що царський уряд не надасть допомогу опозиції. В своїх перших контактах з царським урядом гетьман пішов на деякі поступки в питанні про царських воєвод в Україні, обіцяв розірвати союз із шведським королем, виступити проти Криму, вивести козаків з Бихова та Чаусів, не приймати кріпаків-втікачів з Росії, хоч і з обмовкою, що остаточно ці проблеми будуть вирішені під час його особистого приїзду до Москви. При цьому він сподівався від царського уряду припинення підтримки опозиції та арешту її посольства в Москві. Посланці Виговського до Москви (місії Ю. Міньківського, С. Почановського, потім Г. Лісницького, І. Богуна та І. Бережецького), особисті переговори гетьмана в Чигирині з царськими послами (О. Зюзін та ін.) дали лише частковий ефект. Царський уряд, хоч і підтвердив деякі з своїх щедрих обіцянок, визнав Виговського як гетьмана і звернувся з відповідними грамотами до опозиції та інших полків, але в принципі своєї тактики не змінив і продовжував зноситися і з гетьманом, і з опозицією, поступово схиляючися на бік останньої. При цьому царський уряд через своїх представників та київських воєвод посилив втручання в українські справи (спроби заборонити зносини гетьмана з іноземними державами, підготовка до податкової реформи, вимоги вислання Юрія Немирича з України і т. д.).
Невдовзі опозиція перейшла до активніших дій. Прихильник Пушкаря Іван Донець, зібравши загін, ударив на землі чигиринського полку і вчинив спустошення. Вдався до активніших військових дій і сам Пушкар з Барабашем. У відповідь Виговський став готувати війська для походу, тратив у Гадячі кількох прихильників Пушкаря, а потім дослав до Полтави гадяцького намісника Т. Прокоповича, якого полтавський полковник відмовився вислухати й заарештував. Після цього Виговський спорядив на Полтаву загін (2,5 тис.) переважно з сербів на чолі з І. Богуном та зятем Івана Сірка І. Сербином. Зіткнувшися під Диканькою з десятитисячним військом Пушкаря, Богун та вербин зазнали поразки. Український історик Самійло Величко, хоч і дуже неприхильний до Виговського, визнавав, що через такі дії опозиції "прийшло лихо з того боку (Дніпра на цей бік і запалав вогонь чварної козацької незгоди". Після перемоги Пушкар з'єднався з Барабашем і змусив Лісницького відступити з Миргорода, спробував вибити Гуляницького з Лубен і врешті повернувся до Полтави. Відчувши послаблення гетьманської влади, почали вибухати повстання козаків і селян у різних куточках Лівобережної України. Дізнавшися про поразку Богуна й Сербина, Виговський разом із ордою Карач-бея вирушив 14 травня 1658 року з Чигирина на придушення опозиції. Перед тим він написав цареві лист-скаргу на Пушкаря, в якому просив, щоб царські війська не втручалися в справи України, а також висловлював свій протест проти дій київського воєводи Шереметєва, який порядкував у Києві як у себе вдома, не питаючи на те дозволу гетьмана. На шляху до Полтави Виговський видав два універсали, в яких закликав Пушкаря мирно покінчити з усобицями і розійтися, що вплинуло на частину пушкарівців. Наприкінці травня 1658 року гетьман став під Полтавою і роз почав тривалі переговори з Пушкарем, сподіваючися на