мир на умовах договору 1654 року, до нього прибув представник опозиції ніжинський протопоп Мефодій Филимонович і заявив про підготовку повстання в тилу Виговського. На чолі добре законспірованої змови стояла група козацької старшини, яка висунула своїм лідером Богданового сина (фактично керував усім Яким Сомко, дядько Юрія Хмельницького). До змовників належали наказний ніжинський полковник Василь Золотаренко (брат славетного Івана Золотаренка, що і поліг у 1655 році, та третьої дружини Богдана Хмельницького — Ганни), переяславський полковник Тиміш Цицюра, Іван Богун, Іван Сірко та інші. На Січ було послано від імені Юрія Хмельницького Івана Брюховецького. Ці лідери були значно сильніші й авторитетніші, ніж ті, що діяли в 1658 — першій половині 1659 року. їхній виступ якраз після Конотопської битви пояснюється, на наш погляд, острахом перед фактичним запровадженням у життя Гадяцького трактату, послабленням Росії як імовірного союзника в боротьбі проти Польщі, й, звичайно, можливою війною з Росією, що протікала б переважно на Лівобережжі (основу опозиції знову складала старшина лівобережних поляків).
Повстання проти Виговського почалося в Переяславі, де діяв Т. Цицюра та сотник Василь Лихий. За свідченням Самовидця Цицюра викликав до себе "в алкир" поодинці прихильників Виговського, а там наказував їх в'язати, а потім страчувати. Оволодівши Переяславом, Цицюра послав гінців за допомогою до царських воєвод у Київ і отримав її. Після цього заколотники взяли Ніжин. Скориставшися тим, що Гуляницький від'їхав до Корсуня, вони тихо увійшли до міста й подали сигнал для виступу. За одну годину прихильники Виговського та п'ять польських хоругв, захоплені зненацька, були винищені. Третім значним містом, яке виступило проти Виговського, став Чернігів. Потім повстання охопило значну частину Лівобережної та Сіверської України. Саме тоді вбито Юрія Немирича ("за Кобижчею"), коли він їхав до Чигирина.
Про початок повстання дано знати царським військам і невдовзі Ромодановський виступив у похід на Полтаву й Пирятин, а Трубецькой на Ніжин. У Переяславі на Трубецького чекав уже Безпалий, а на півдні діяв Сірко. Гетьманом було проголошено Юрія Хмельницького, хоч обрали його пізніше, а наказним гетьманом став Я. Сомко. Повстання перекинулося й на Правобережну Україну, де його очолив Іван Богун. Сам Виговський врятувався випадково. Один із змовників розповів про підготовку виступу проти нього на сповіді. Священик відмовився відпустити йому гріхи і тоді змовник розповів про наміри опозиції Виговському і той встиг втекти. Гетьман тоді віддав рішучі накази про страту Богуна й Сірка, але останні випередили його і встигли вже перебити кілька десятків визначних прихильників Виговського. Іван Груша, кого гетьман послав до короля, із сльозами на очах розповідав у Львові про те, що лише з його полку змовники винищили дванадцять хоругов разом з їх дружинами та дітьми. Данило Виговський у цей час благав Потоцького, командуючого польськими військами, щоб той подав живу допомогу для походу на Чигирин та Смілу. В столиці тримала оборону невелика залога С. Гуляницького, під охороною якої була О. Стеткевич. У Смілі знаходилася К. Хмельницька — дружина Д. Виговського.
За короткий час Виговський опинився в надзвичайно тяжкому стані. Його військо тануло на очах, переходило до Юрія Хмельницького. Слід віддати належне гетьману, він, бачачи свою поразку, відмовився затягати на допомогу турків і татар, як йому дехто пропонував. Була також думка йти у Білорусію до І. Нечая, аби разом продовжувати боротьбу. Але Виговський був реалістом і розумів, що такі дії приведуть лише до подальшого спустошення України. Він вирішив використати останній шанс: апелювати до козацької ради, тим більше, що чимало козаків правобережних полків віддавали йому перевагу перед набагато нижчими від нього політиками в особі Юрія Хмельницького, Я. Сомка, В. Золотаренка. У середині вересня 1659 року в Германівці на Київщині зібралася рада, але це була "чорна" рада, де головну роль відігравали козацькі низи. Прихильників Виговського не хотіли слухати і навіть вбили декого з них (братів Сулим та Верещак). Значна частина війська Виговського переметнулася тоді на бік Юрія Хмельницького, а сам гетьман мусив рятуватися втечею. Цікаво, що після того на початку жовтня 1659 року Виговський зустрівся з представником Яна-Казимира, його "покоєвим" (ним був Іван Мазепа) і передав королю та коронному канцлеру листи, в яких прохав допомогти визволити з Чигирина свою дружину і заопікуватися в разі потреби своїм малолітнім сином Остапом, який перебував у батьків гетьмана. Але й тут йому не вдалося досягти мети. Підмогу він не отримав, а чигиринський замок капітулював. Олена Стеткевич і все майно Виговського були передані Юрію Хмельницькому, який став гетьманом після ради в Білій Церкві.
Виговський остаточно переконався, що його справа програна. Оглядаючись на проминулі по смерті Богдана Хмельницького два роки, він усвідомив, яка біда, яка кривава Руїна впала на його Батьківщину. У своєму листі до Яна-Казимира від 29 грудня 1659-го (або 8 січня 1660 року) він, між іншим, зазначив: "У минулі роки вона (сила козаків — Ю.М.) ослабіла, хвилюючися в бурях міжусобиці. Найбільші полки погинули: сорокатисячний полтавський, тридцятитисячний миргородський, а прилуцький, іркліївський — знищені зовсім.
Міста і села поросли кропивою... Одні з козаків полягли на місці в нищівних кривавих битвах, а інші — потрапили в орду разом із жінками. Отже, все козацьке військо, з'єднане разом, насилу склало 40 000...". Коли до Виговського прибули посли Ю. Хмельницького (канівський полковник Лизогуб і миргородський полковник Лісницький) з проханням віддати
