17 жовтня 1659 року в Переяславі Юрій Хмельницький під тиском князя Трубецького (в оточенні його численних військ) підписав новий договір з Росією ("Переяславські статті", або "14 статей"). Цей договір мав на відміну від договору 1654 року нерівноправний характер. Україна перетворювалася в автономну одиницю в складі Російської імперії, після чого процес ліквідації її суверенітету пішов швидкими темпами. Серед умов нового договору були й такі, що зобов'язували Ю. Хмельницького до видачі цареві всіх Виговських. Після Данила вдалося арештувати ще трьох родичів колишнього гетьмана — троюрідного брата, овруцького полковника Василя, двоюрідного брата Юрія та племінника Іллю, які почали служити Івану Виговському лише після Гадяцького трактату. 22 вересня 1659 року в тяжких кайданах їх вислали з Києва до Москви, а звідти у Тобольськ. Там за дозвіл звільнити їх від кайданів було бито батогами і знято з посади місцевого жителя, українського шляхтича Г. Костелецького. Юрій та Ілля Виговські були заслані потім до Якутська, де вони, очевидно, й закінчили своє життя.

Колишній гетьман через Хмільник і Попонне відступив у кінці 1659 року до Степані й Дубно. Звідти він 15 січня 1660 року повідомив короля про те, що Богун, Сірко, Зеленський, Гоголь і Багно із своїми полками напали на Бар, де знаходилася залога прихильника Виговського Проскури. Місто було взято, але замок вистояв, хоч Проскура при цьому загинув. Втративши близько чотирьох тисяч війська Богун і Сірко відступили. У лютому 1660 року Виговський спробував взяти реванш і вибити подільського полковника О. Гоголя з Могилева-Подільського, але, очевидно, без успіху. Врешті він осів на українських землях, що тоді перебували під владою Речі Посполитої, бо повернення на Гетьманщину для нього було рівнозначне смерті. Щоправда, у травні 1662 року він провадить якісь секретні переговори з Юрієм Хмельницьким, можливо, з приводу повернення.

Ян-Казимир, цінуючи Виговського як впливову на Україні особу та ініціатора Гадяцького трактату, надав йому барське староство та київське воєводство. Останній титул був ефемерний, але давав звання сенатора Речі Посполитої. Місто Бар на Поділлі стало місцем постійного мешкання Виговського. У 1662 році Виговський побував у Львові разом з Ю. Любомирським, коронним маршалом, відомим польським воєначальником. Про цю подію свідчить львівський мемуарист М. Голинський, який навів також стислий опис зовнішності колишнього гетьмана: "Людина висока, ніс великий, борода жовта". З інших джерел відомо, що Виговський вписався того ж року до львівського православного братства.

Aле незабаром відносно мирному життю Виговського прийшов край.

На той час гетьманська Україна вже розкололася на дві частини (Правобережну та Лівобережну), кожна з яких була відповідно автономною областю в складі Росії та Рєчі Посполитої і мала свого гетьмана. На Правобережній Україні гетьманом у 1662 — 1665 роках був Павло Тетеря, "цівагер" Виговського, який одружився з удовою його брата Данила. Незважаючи на родинні зв'язки, на те, що обидва були визначними сподвижниками Богдана Хмельницького, відносини між Виговським і Тетерею в цей період значно загострилися. Виговський, як і більшість козацької старшини, не кажучи вже про низи, не сприймав відверто пропольської політики Тетері. Тепер погляди й дії Виговського в очах Тетері та його оточення набирали політичного криміналу. Не випадково, 26 лютого 1664 року Ідольський воєначальник, кум Тетері С. Маховський попереджав свого адресата про необхідність стерегтися Витовського. Саме в цей час відбувається невдалий похід Яна-Казимира на Лівобережну Україну (1664), коли частина козацької старшини вирішила виступити проти короля. Саме через це розстріляно Івана Богуна. Після закінчення походу на Правобережній Україні вибухнуло потужне повстання проти Речі Посполитої та гетьмана Тетері, яке очолював Дмитро Сулимка. В цьому повстанні брали участь С. Височан, І. Сірко, Скидан та ін. Зв'язок з повстанцями підтримував і Виговський, через що його було Звинувачено у державній зраді. Колишнього гетьмана запросили в Корсунь, де Тетеря, Маховський та декілька польських воєначальників проводили нараду. Там Виговгького арештували, а 16 березня 1664 року розстріляли без суду й слідства, хоч Виговський був сенатором, навіть без королівського відома. Тетеря, виправдовуючися в своєму вчинку, писав потім у листі до вального сейму: Виговький, "вийшовши з Бару, довго бував у підозрілих містах, містечках, в українському народі... бунти чинив". (Іван Нечуй-Левицький. Українські гетьмани Брюховецький та Тетеря.) Набагато важливішим є визнання Сулимки, взятого в полон, коли повстання було придушене. На допиті він писемно показав, що "мотором всіх нинішніх бунтів і Україні був небіжчик пан Виговський".

Виговський гідно зустрів смерть. Коли