Після укладання договору 1654 р. до смерті Богдана Хмельницького царський уряд досить обережно вдавався до спроб обмежувати державну незалежність України й порушувати договір. Надто великим був авторитет і сильною була влада гетьмана Богдана Хмельницького в Україні, який твердо й послідовно протидіяв тиску царизму, відстоюючи права Української Гетьманської держави. Ситуацію, що склалася, Москва вирішила використати, щоб розгорнути наступ на державність України, її автономний устрій.

Посол Хітрово мусив запевнити Виговського, що метою цієї місії є нібито зміцнення його гетьманської влади, щоб «Військо Запорозьке було у нього в покорі». Але насправді, як свідчить текст царського наказу Богдану Хітрово, він мав завдання домогтися згоди гетьмана на призначення воєвод у Чернігів, Ніжин, Переяслав, Білу Церкву, Корсунь, Полтаву, Миргород. Порушувалося питання про утримання цих воєвод із «ратними людьми» за рахунок місцевих коштів. Нова Рада відбулася 7 лютого 1658 р. в Переяславі. Вона одноголосно підтвердила обрання Виговського; козаки високо цінували його діяльність під час війни («голову свою смажив, нас із лядської неволі визволяючи»).

Крім питання про воєвод в Україні та їх утримання, царські посли від імені царя поставили вимогу про скасування козацтва в Білорусії, а також зажадали, щоб гетьманський уряд надіслав Швеції ультиматум про примирення з Москвою, в іншому разі він погрожував розірвати з нею союзницькі відносини. З вимогами Москви Виговський та старшина на раді вимушені були погодитися. Хітрово, прийнявши присягу Виговського, вручив йому гетьманську булаву та бунчук і тут же подався в Полтаву до Пушкаря, якого обдарував соболями й запевнив у царській до нього милості. Мартин Пушкар претендував на гетьманську булаву й надсилав царю доноси на Виговського. Царський посол запевнив Пушкаря, що Москва воліє бачити на гетьманстві саме його. Пушкар домовився про спільні дії з кошовим отаманом Яковом Барабашем, хоча в боротьбі за гетьманську булаву вони були суперниками. Барабаш також писав доноси на Виговського, шукаючи підтримки Москви. Московський уряд провадив таємні переговори водночас і з Пушкарем, і з Барабашем, підштовхуючи їх до повстання.

У своїй соціальній політиці Виговський спирався тільки на старшинську верхівку та українську покозачену шляхту, а тому передусім сприяв збільшенню та розширенню старшинського й шляхетського землеволодіння. Нагромаджуючи землі й маєтки, старшини, в руках яких зосереджувалася політична, адміністративна, судова та військова влада, використовували своє панівне становище, щоб примушувати селян відбувати «послушенство», тобто віддавати частину здобутків своєї праці. Заводилися чинші, данини, селяни притягалися навіть до панщини.

Рядове козацтво з невдоволенням дивилось, як старшина прибирала до своїх рук найкращі грунти, луки й луги. Відбувався поділ, роздвоєння в самому середовищі козацтва. У ньому формувалися нібито дві партії — старшинсько-аристократична і демократична. Виговський вважав основою держави саме старшинсько-аристократичну частину українського суспільства. Селянсько-козацьку масу він прагнув утримати в покорі адміністративними засобами. Відверта орієнтація гетьмана на панівну старшинсько-шляхетську верхівку дратувала та обурювала не тільки козацтво, а й міщанство та селянство, котрі жили недавніми традиціями боротьби проти чужоземного гноблення та за соціальну справедливість.

Рух протесту розгорнувся й серед нижчих прошарків українського населення. Селянство нападало на панські, старшинські двори, на заможних козаків, купців... Рухом народних мас скористалися старшини, руки яких тягнулися за гетьманською булавою. Царський уряд втрутився в соціальні протистояння й боротьбу за владу, використовуючи їх для встановлення панування Москви в Україні.

Барабаш і Пушкар підняли заколот проти законно обраного гетьмана. Пушкар зібрав на Полтавщині у великій кількості так званих «дейнеків» — бездомних і безземельних наймитів, «гультяїв» — робітних людей із промислів (гуралень і буд), озброєних рогатинами, косами та киями, їх об'єднувала одна мета — помсти старшині, заможним козакам, маєтки й садиби яких вони громили й грабували, а власників убивали. До повстанців приєдналися запорожці на чолі з Барабашем. Виговський спочатку шукав мирного порозуміння з опозицією, казав, що не хоче проливати крові, а потім удався до блокади Запорожжя й Полтави, не допускаючи туди зброю та харчові припаси.

На кордонах Запорожжя були поставлені полки Ніжинський, Чернігівський, Прилуцький та Іркліївський, які мали наказ хапати й карати на смерть кожного, хто пробирався на Запорожжя. Однак це не вгамувало повстанців. Заколот поширився на все Подністров'я. 40 тисяч повстанців на чолі з Пушкарем і Барабашем виступили проти Виговського. Вони розбили направлені гетьманом війська під проводом полковників Івана Богуна та Івана Сербина. Тоді Виговський мобілізував полки, в яких було 20 тисяч козаків, приєднавши до них своїх нових союзників — татар (40-тисячну орду на чолі з Карач-беєм). В облогу була взята Полтава, біля якої два тижні велися бої. 15 травня бунтівників розбили. З їхнього боку полягло 15 тисяч, серед них і Мартин Пушкар. Якова Барабаша повісили. Полтава була спалена. Татари захопили багато людей у неволю. Виговський велів козакам відбити бранців. Запорожці втекли під захист московського війська, яке прибуло разом із воєводами, щоб стати залогами в Києві, Чернігові та Ніжині. Воєводи злякалися й відступили зі своїми ратними людьми в межі Московської держави. Тільки Шереметьєв зумів укріпитися в Києві.

Так розпочалася в Україні кривава братовбивча війна, викликана боротьбою за гетьманську владу. На цей раз громадянська війна коштувала Україні 50 тисяч людських жертв: кільканадцять тисяч полягло в бою. Крім того, татари, що прийшли Виговському на допомогу, вивели з Лівобережжя багато ясиру. Почався розпад збройних сил України, порушилася їхня монолітність. Уперше козацькі полки воювали один проти одного.