Конгрегаціоналісти відрізнялися від пресвітеріан і у визначенні складу Церкви. Пресвітеріани вважали, що всі люди, що живуть на даній території і хрещені в дитинстві, є членами даної приходської церкви (parish church). Конгрегаціоналісти ж розробили вчення про общину істинно віруючих (gathered church). Основу такої Церкви складають люди «відроджені», здатні свідомо засвідчити свою вірність Христу. Подальший розвиток учення конгрегаціоналізму і привело до виникнення баптизму.

Поява баптизму пов'язана з діяльністю англійського конгрегаціоналіста Джона Сміта. Отримавши після закінчення Кембріджського університету в 1593 році ступінь магістра богослів'я, Сміт був зведений в сан священика англіканської церкви і призначений проповідником в Лінкольн. У 1606 році після довгих сумнівів і роздумів він вирішив порвати з офіційною церквою і прилучився до групи конгрегаціоналістів в Гейнсборо, ставши її «вчителем» (конгрегаціоналісти уникають слова «священик»). Його найближчим помічником став Томас Гелвес.

В цей час королівські власті посилили репресії проти «єретиків», примушуючи їх або покаятися, або покинути країну. Тому група Джона Сміта вирішила емігрувати до Амстердама, де вона утворила нову англійську церкву. Тут-то Сміт і дістав можливість детально ознайомитися з доктринами Армінія і меннонітів. Він і раніше сумнівався в правомірності хрещення немовлят, а зараз остаточно зміцнився в думці, що дійсна Церква складається виключно з «видимих святих», хрещених наново. При цьому Сміт виходив з того, що єдиним главою Церкви є Христос, і дійсні віруючі повинні об'єднатися в братерство Євангелія, щоб у всьому слідувати Його шляхом. У «Декларації віри», виданої послідовниками Сміта, що повернулися в 1611 році до Лондона, мовиться:

«Зовнішня церква мабуть складається тільки з таких людей, що покаялися, які вірять в те, що Христос приноситиме надалі свої плоди, здатні поліпшити життя... Видима церква є зовнішньою формою дійсної духовної невидимої церкви, яка утворюється душами тільки праведних і досконалих людей».

Сміт вважав, що апостольська спадкоємність виявляється не через спадкоємність священиків або видимих церков, а тільки через дійсну віру. А оскільки така спадкоємність, на думку Сміта, була перервана католицизмом і англіканством, то дійсну церкву слід створювати наново. Тому першорядне значення Сміт надавав акту хрещення як «зовнішньому знаку прощення гріхів, смерті і покаяння», до якого допускаються лише люди що покаялися і повірили. Група Сміта і Гелвеса прийняла повторне хрещення і склала альтернативну «дійсну» церкву. Специфічно баптистське розуміння істинності церкви закріплене і в «Декларації віри»:

«Церква Христа є група віруючих людей, відокремлених від світу словом і духом Бога, віруючих, сполучених з Христом і один з одним за допомогою хрещення, їх власним сповіданням віри і гріхами».

Повернувшись до Англії, община Сміта, і поклала початок баптизму. Церква Сміта успадкувала дві гілки протестантизму. По-перше, вона сприйняла від меннонітів ідею перехрещення (анабаптістів). По-друге, вона визнала доктрину Армінія, що затверджував, що своєю жертовною смертю Христос викупав гріхи всіх людей, а не тільки вибраних. Як писав Сміт, «Господь не зумовив жодної людини до знищення». Тому членів общини Сміта і Гелвеса називають загальними (генеральними) баптистами.

Незабаром з'явилися так звані приватні (партикулярні) баптисти. Свою назву вони отримали тому, що визнавали концепцію Кальвіна, згідно якої лише деякі люди («частина» людей) призначені стати «синами світла». Початок цієї гілки баптизму поклала община конгрегаціоналістів, яку очолював Генрі Джекоб. У 1638 році в результаті внутрішніх розбіжностей з неї виділилася група на чолі з Джоном Спілсбері, що перейшла на позиції баптизму. На відміну від Сміта, Спілсбері вважав, що хрещення повинне здійснюватися тільки зануренням у воду, бо тільки так відновлюється «апостольська» спадкоємність. Якийсь час така практика викликала бурхливі спори, але поступове хрещення зануренням у воду стало свого роду відмітною ознакою баптистів. Саме приватні баптисти зробили істотний вплив на процес формування світового баптизму.

У 1644 році 7 церков приватних баптистів опублікували «Сповідання віри», що складалося з 15 пунктів. Один з них визначає хрещення як «обряд Нового Заповіту, даний Богом». Причому здійснювати цей обряд слід виключно «зануренням або зануренням у воду». Це остаточно відмежувало баптистів від інших протестантських течій.

Спочатку баптистські общини привертали переважно дрібних виробників, ремісників, торговців, а також радикально настроєних релігійних діячів. З часом, проте, до них все частіше приєднувалися і представники багатих шарів суспільства. І це не дивлячись на репресії проти баптистів. Ймовірно, це пов'язано з тим, що баптисти завжди уміли знаходити «золоту середину». Поступово репресії властей лагідніли. З одного боку, ніяких підстав брати під сумнів соціальну лояльність баптистів не було. А з іншого боку, оскільки баптисти підкреслювали важливість релігійної свободи і самоврядування церкви, до них тягнулися демократично настроєні люди. [34.c.53]

У 1689 році принц Оранський проголосив «Акт про віротерпимість», тим самим, репресії проти баптистів в Англії припинилися. Але відразу ж з'явилася нова небезпека. Якщо в обстановці переслідувань в баптистські общини йшли люди, що свідомо вибрали нову віру, то тепер баптизм опинився під загрозою перетворитися на якусь «духовну моду». Відчуваючи це, баптистські лідери прагнули підсилити свій контроль над місцевими общинами шляхом створення різних союзів і асоціацій. Тенденція до централізації особливо виразно простежується у загальних баптистів. У 1671 році вони створили Загальну асамблею, яка тут же спробувала обмежити права місцевих общин. Природно, що це викликало