На початок ХІХ століття південний регіон і надалі залишався одним із головних плацдармів для вирішення зовнішньополітичних завдань Російської імперії й був досить нестабільним, а від того небезпечним. Широкий наступ на залишки прав і вольностей козацького населення Півдня України з боку державних інституцій, централізація й уніфікація краю, поширення за правління Павлі І кріпосного права на південноукраїнські губернії, переважну частину населення якого становило козацтво, рекрутчина, докорінна реорганізація та ліквідація створених в останній чверті ХУІІІ століття козацьких військ призвели до масового відтоку козацького населення закордон, оформлення осередку козацької запорозької вольниці на території держави - потенційного ворога Росії, стихійних виступів нижчих прошарків населення - селянства, міщанства. При існуванні реальної загрози воєн із Туреччиною та Францію вищих російських сановників не влаштовував такий стан речей на півдні. Не останню роль у прийнятті рішення на найвищому рівні стабілізувати обстановку в південному краї грали й ті обставини, що боротьба з Наполеоном змусила стягнути збройні сили Імперії на захід і прикувати там більшу частину армії. Для захисту південної та південно-східної ділянки російського кордону регулярних військових підрозділів не вистачало, а створення нових військових частин шляхом рекрутських наборів потребувало багато часу і великих грошових витрат із державної казни.

За таких обставин кращим вирішенням питання охорони південного порубіжжя було залучення козацтва на військову службу. Воно мало досвід охорони кордонів, розумілося на методах боротьби проти представників кочових народів, кінноти різного призначення, добре знало територію, яку мусило боронити, уміло господарювати. Формування військових підрозділів із козаччини не потребувало багато часу та ще й заощаджувало державні кошти. Надати можливість, принаймні тимчасово, зберегти права вільного стану південноукраїнському козацтву та іноземним вихідцям шляхом притягнення на військову службу послабило б напружено обстановку в краї і зміцнило збройні сили Росії. До того ж утворення військових підрозділів на зразок козацьких зі збереженням їх зовнішніх рис було випробуваним засобом узяти під подвійний контроль (з боку військової та цивільної влади) незв'язане умовами кріпацтва населення південного регіону. Саме такими причинами можна пояснити поновлення Бузького козацького війська; утворення в 1803 році Одеського Грецького піхотного батальйону; переселення колишніх українських козаків на Кубань з приєднанням до складу Чорноморського козацького війська; створення на Кавказькій лінії Кавказького полку із козаків колишнього Катеринославського війська, оформлення двох нових козацьких формувань - Ногайського та Усть- Дунайського Буджацького козацьких військ.

У перше десятиліття ХІХ століття було внесено зміни в органах місцевого правління козацьких військ. Необхідність їх проведення була очевидною. Проведені Павлом І реформи призупинили всі перетворення, розпочаті Г. Потьомкіним у середовищі козацтва, та призвели до повернення попередніх порядків, коли вся місцева влада передавалась у руки військового отамана і козацької старшини. А відтак почалися масові зловживання з боку керівного складу військ. Маємо цілий ряд такого роду порушень, про які у формі донесень перепроваджувалися до губернаторів, Інспекторського департаменту. Враховуючи всі ці обставини, а також бажання уряду зоорганізувати місцеве управління козацьких військ, наближеним до устрою загальногубернського управління, Олександр І почав реформи, направлені на повернення порядків, заведених Г. Потьомкіним. Височайшим указом від 25 лютого 1802 року визначалися правила формування військової канцелярії. Склад останньої був наступним: голова (посаду обіймав військовий отаман), дві необмінні особи, чотири асесори, вибрані на 3 роки, прокурор. Присутність у військових канцеляріях призначених царем генералів відмінялася. Визначена законом 1802 року організація військового управління згодом була поширена на всі козацькі війська Російської імперії в тому числі і на іррегулярні формування південного регіону.

Услід за цим указом, почалося розроблення положень, у яких фактично вперше на височайшому рівні визначалися порядок служби та управляння окремо взятих козацьких військ, а також службові обов'язки козаків. Причини розробки таких положень викладені в звіті Міністра внутрішніх справ за 1803 рік. У ньому, зокрема, наголошувалося, що хоч військові канцелярії й отримали вже головний орган свого управління, але порядок розгляду справ у них та всі частини внутрішнього їх цивільного і господарського устрою потребують детальних розпоряджень і визначень. Деталізація правил внутрішнього устрою заключалась у чіткому визначенні функцій канцелярії та кожного її члена, розподілі порядку діловодства та наявних у канцелярії справ, взятті під контроль збір і розподіл сум, запровадженні на кращих засадах внутрішньої поліції, упорядкуванні штатів, пристосовані до традицій та звичаїв розборів позовів та взаємних домагань [3, с.77]. Такі положення були видані в 1802 році для Чорноморського, а в 1806 році для Бузького козацьких військ.

Іменним указом Олександра І від 25 лютого 1802 року в Чорноморському війську знову затверджувався військовий уряд за зразком Війська Донського [4]. 20 березня до Чорноморської військової канцелярії надійшов указ Сенату, в якому наказувалося скласти військовий уряд у такій же кількості, що й у Донському козацькому війську [5, арк. 3]. У військових справах козацьке формування підпорядковувалося Кримській інспекції, а в цивільних - таврійському губернатору (з 1796 року Чорноморія входила в Ростовський повіт Новоросійської губернії і підпорядковувалася новоросійському губернатору). Призначення урядом генерала відмінялося. Залишався лише прокурор у чині сьомого класу, який підпорядковувався губернському прокурору.

Безпосередньо на теренах