Основними змінами у складі південноукраїнських іррегулярних формувань у другій чверті ХІХ століття стало створення двох нових козацьких військ - Дунайського та Азовського й оформлення іррегулярної частини - Лейб-гвардії кримського-татарського ескадрону. Вони, як військово- адміністративні елементи держаної системи, не могли вимагати для себе створення окремої специфічної системи управління. Тому перед урядом по відношенню до південноукраїнських козацьких формувань постало завдання виробити таку систему військово-адміністративного управління, яка б без зайвих суперечностей влилася в уже існуючий державний механізм.

За встановленою системою управління Азовське та Дунайське козацькі війська безпосередньо підпорядковувалося новоросійському та бессарабському генерал-губернаторові як в цивільних справах, так і у військових. Через генерал-губернатора Азовське та Дунайське іррегулярні формування підлягали Військовому міністерству. Питання, які не могли бути вирішені Військовим міністерством, передавалися до Сенату, а його рішення, схвалені імператором, набували силу закону. Відмінність південноукраїнських козацьких військ від Донського та Чорноморського полягала в тому, що вони на пряму не підпорядковувалося Військовому міністерству. Проміжною ланкою виступало головне регіональне керівництво в особі новоросійського та бессарабського генерал-губернатора. Останній діяв через свій штаб та канцелярію і в управлінні козацькими військами користувався правами корпусного командира.

Безпосереднє військове та цивільне керівництво в південноукраїнських іррегулярних формуваннях здійснювали наказні отамани, що користувалися правами бригадних командирів. По військовій та цивільних частинах наказні отамани діяли: в Азовському війську через військову канцелярію, у Дунайському через військове правління. Військовим канцелярії (в Азовському) та правлінню (у Дунайському) підлягали станичні правління, а останнім - хутірські управи. Військово- судові справи вирішувалися військово-судними комісіями. Загальні судові справи карного та цивільного характеру вирішувалися військовим правлінням (у Дунайському) та військовою канцелярією (в Азовському). Більш важливими судними справами займалися місцеві загальногубернські судові установи. Загальний характер служби Азовського та Дунайського козацьких військ був неоднаковим через різну чисельність службового складу та їх місцерозташування. Дунайське козацьке військо несло майже виключно місцеву службу (поблизу військових земель); Азовське ж відбувало специфічну службу, виставляючи морські команди для крейсерства у Чорному морі.

Лейб-гвардії кримсько-татарський ескадрон безпосередньо підпорядковувався полковому начальству Лейб-Гвардії козацького полку.

Поразка Російської імперії у Східній війні, втрата територій, яскрава демонстрація переваги передових зарубіжних технологій, рівня життя та господарювання європейських країн вимагали кардинальних змін в країні, в органах центрального управління. Реформування у Військовому міністерстві, призвело до змін і в центральному та місцевому управлінні козацькими військами.

Південноукраїнське козацтво відіграло у Кримській кампанії досить помітну роль. Військові заслуги козаків Азовського та Дунайського іррегулярних формувань у ході Східної війни були визнані на державному рівні й достойно оцінені. Однак після закінчення війни доцільність існування козацьких військ на півдні України була поставлена під сумнів. Потреба у них як у військовій силі відпала з припиненням воєнних дій. Присутність козацьких формувань на півдні України, у розумінні уряду, дестабілізувала обстановку в регіоні. Діяльність козаків, направлена на створення монолітної системи, яка могла б успішно відстоювати свою належність до козацького стану, з одного боку, і намагання нижчих верств населення Південної України приєднатися до козацьких з'єднань, які уособлювали собою традиції Запорожжя, з другого боку, напружували обстановку в регіоні. Незадоволення поміщиків перебуванням Азовського та Дунайського військ на півдні України додавали напруженості в краї і переконували вище керівництво в необхідності реорганізації чи ліквідації південноукраїнських козацьких формувань. Саме фактори соціально-економічного характеру стали однією з головних причин переведення азовців на Кубань з приєднанням до складу кубанського козацтва; ліквідації Грецького Балаклавського піхотного батальйону, лейб-гвардії Кримсько-татарського ескадрону та Дунайського козацького війська.

Активна участь південноукраїнських козацьких формувань та іррегулярних військових підрозділів у Кримській війні стримувала вищих сановників вдатися до негайної їх ліквідації. На найвищому рівні було вирішено в справі з козацтвом півня України діяти поступово. В 1859 році вийшло височайше повеління підготувати нові проекти положень про Новоросійське та Азовські козацькі війська, а також про лейб-гвардії Кримсько-татарський ескадрон та Балаклавський грецький піхотний батальйон. Пояснення такого наміру вищої влади було досить загальне - у зв'язку з багатьма змінами, "що послідували в дарованих козацьким військам у різний час положень" [27, арк.1].

Для виконання височайшого повеління створити нові положення про південноукраїнські козацькі війська при новоросійському та бессарабському генерал-губернаторі була створена комісія під керівництвом генерал-майора І. Є. Гангардта (наказного отамана Новоросійського козацького війська), яка й мала впродовж 1860-62 років виробити нові законопроекти.

У той час, коли створена при Управлінні новоросійського та бессарабського генерал-губернатора комісія для складання проектів положень про іррегулярні війська Новоросійського краю, активно й доволі плідно працювала над поставленим завданням, вищі сановники на чолі з імператором мали своє бачення щодо майбутнього південноукраїнських козацьких формувань. У ході роботи Комісії, остання періодично отримувала розпорядження з Військового міністерства припинити складання проекту положення спочатку стосовно Балаклавського грецького батальйону, [27, арк.13 зв.] згодом Лейб- Гвардії Кримсько-татарського ескадрону [27, арк.114].

Припущення щодо пошуку приводів для реорганізації чи ліквідації південноукраїнських іррегулярних формувань виправдалися. В кінці 1859 року одночасно